IBS, 정확도·효율성 높인 생명과학 데이터 분석 도구 'scICE' 개발

작성일 07-03

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 기존보다 최대 30배 빠른 속도로 안정적인 결과만을 자동으로 선별, 대규모 생명과학 데이터 분석 정확도·효율성을 획기적으로 향상시키는 방법이 나왔다.
 기초과학연구원(IBS·원장 노도영)은 김재경 수리 및 계산 과학 연구단 의생명 수학 그룹 CI(KAIST 수리과학과 교수) 연구팀이 세포 분류(클러스터링) 결과 안정성을 수학적으로 평가해 불안정한 결과를 걸러내는 새로운 분석 도구 'scICE'를 개발했다고 3일 밝혔다.
 단일세포 수준 유전자 발현 분석 기술인 단일세포 전사체 분석법(scRNA-seq)은 현대 생명과학 연구 핵심 도구로 자리 잡았다. 이 과정에서 클러스터링은 유사한 유전자 발현 특성을 가진 세포들을 그룹으로 묶는 작업으로, 암세포와 정상 세포를 구분하거나 새로운 세포 유형을 발견하는 데 중요한 첫걸음이다. 하지만 클러스터링 알고리즘은 무작위로 세포를 분류해 같은 데이터를 분석해도 결과가 달라지는 경우가 많다.
 제1저자인 김현 선임연구원은 “일부 정상 세포가 암세포로 잘못 분류되거나 중요한 세포 유형이 누락되는 불안정성으로 연구자들이 다시 분석하거나 복잡한 계산을 통해 신뢰도가 높은 결과를 선별해야 했다”며 “기존 방법들은 분석을 여러 번 반복해 합의된 결과를 도출하는 방식으로, 계산량이 방대하고 수만 개 이상 세포가 포함된 대용량 데이터에는 적합하지 않다”고 말했다. 
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 클러스터링 알고리즘의 무작위성에 따른 분석 결과 변동성
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 연구팀이 개발한 scICE는 한 번 분석으로도 얼마나 일관성 있게 결과가 도출됐는지를 수학적으로 평가한다. 새로 도입한 '불일치 계수(IC)'를 통해 많은 계산량이 요구되는 연산 없이도 클러스터 간 안정성을 정량적으로 판단할 수 있다.
 모든 세포를 일일이 비교하던 기존 방식과 달리, 불일치 계수를 활용한 안정성 평가는 클러스터 구조 간 유사성만 평가해 비교 대상을 획기적으로 줄일 수 있어 분석 시간을 크게 단축한다.
 연구팀은 뇌·폐·혈액 등 다양한 조직에서 수집된 48개 실제 및 모의 scRNA-seq 데이터에 scICE를 적용해 그 유효성을 입증했다. 그 결과 기존 분석 결과 중 약 3분의 2는 통계적으로 불안정하며 신뢰하기 어렵다는 사실을 밝혀냈다.
 반면, scICE는 신뢰할 수 있는 결과만을 선별해 연구자 시간과 계산 자원을 절약하면서도 정확도를 한층 높였다.
 또 scICE는 일반적인 클러스터링으로는 놓치기 쉬운 희귀한 세포 유형을 효과적으로 탐지했다. 실제로 일부 데이터에서 찾기 어려웠던 희귀 면역세포들을 scICE 기반 서브클러스터링을 통해 안정적으로 식별해냈다. 예를 들어, 매우 복잡한 분석을 거쳐야만 식별할 수 있던 여러 대식세포 아형들을 훨씬 간편하고 정확하게 구분해냈다.
 scICE에 관심 있는 연구자는 누구나 깃허브 사이트를 통해 쉽게 활용해볼 수 있다.
 김재경 CI는 “이번 연구는 수학적 아이디어가 어떻게 생명과학의 핵심 문제를 해결하고 분석 과정을 혁신할 수 있는지를 보여주는 성과”라며 “클러스터링 신뢰도의 중요성이 간과돼 온 측면이 있는데, 이번 기회로 scICE가 생명과학 분야에서 신뢰도 높은 데이터 해석을 가능케 하는 표준 도구로 자리 잡기를 기대한다”고 전했다.
 박종은 KAIST 교수팀, 김종경 포스텍 교수팀, 서민석 고려대 교수팀과 공동으로 참여한 이번 연구결과는 네이처 커뮤니케이션즈에 2일 온라인 게재됐다.
 김영준 기자 kyj85@etnews.com
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